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智药邦
共发布文章：421篇
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Nat Methods｜David Baker团队：新型AI蛋白设计模型LigandMPNN前沿研究蛋白质是生命活动的核心执行者，而通过计算设计新型蛋白质（例如酶、药物结合蛋白）是蛋白质设计领域的“圣杯”。 对于其中关键的第二部，即蛋白质序列设计，可以通过基于物理的方法（例如Rosetta）以及基于深度学习的模型（例如ProteinMPNN、IF-ESM等）来进行 。 基于深度学习的方法在设计蛋白质主链序列方面优于基于物理的方法，但目前可用的深度学习模型均无法纳入非蛋白的原子和分子。智药邦2025-04-13AI蛋白 LigandMPNN
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Nat Mach Intell综述｜Transformer与基因组语言模型前沿研究基于transformer深度学习架构的大型语言模型已经彻底改变了自然语言处理领域。 受人类语言与基因组生物学代码之间类比关系的启发，研究人员已开始基于transformer及相关架构开发基因组语言模型(gLMs)。 2025年3月13日，来自加拿大多伦多大学Bo Wang团队在Nature Machine Intelligence上发表文章Transformers and genome language models。智药邦2025-04-12transform 基因组 Nat Mach
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arXiv｜清华大学刘洋/字节跳动团队等：用于肽、抗体和小分子设计的统一表征与生成框架专家观点在生物医学研究与药物发现领域，设计能够特异性结合靶标蛋白的分子始终是核心课题。 现有分子生成方法通常局限于单一分子类型，既难以满足多样化的治疗需求，也无法通过跨域知识迁移提升模型性能。 具体来说，UniMoMo将不同分子统一表示为块状图，每个块对应标准氨基酸或分子片段。智药邦2025-04-11小分子设计
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Adv Sci｜澳门理工大学刘焕香/姚小军等：双扩散模型结合多目标优化策略助力3D小分子药物设计前沿研究然而，现有3D分子生成的方法往往难以同时优化多个分子性质，并且对于潜在药物分子的关键性质考虑不足，已开发的生成模型的应用能力仍有待提升。 DiffMC-Gen在生成分子的新颖性和唯一性方面达到了最新水平（SOTA），同时在药物相似性和合成可行性方面表现出与现有方法相当的性能。 这些结果表明，DiffMC-Gen具有用于新药设计的实际应用潜力。智药邦2025-04-113D小分子药物 双扩散 姚小军
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非洲RNA疫苗生产计划将采用人工智能和自动化技术前沿研究2025年3月5日，据总部位于埃及开罗的制药公司Eva Pharma表示， 自动化和人工智能将成为非洲生产数百万RNA疫苗新计划的核心 。 该公司近期与DNA Script和Quantoom Biosciences达成合作，旨在建立一个年产能达1亿剂的RNA疫苗生产系统。 该工厂设有mRNA创新中心，将负责疫苗的研发和生产。智药邦2025-04-11DNA Script Inc. 非洲RNA疫苗
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BMC Bioinformatics｜预测精度达93%，科学家开发Transformer新方法预测结合蛋白，个人电脑可部署前沿研究阿富汗呼罗珊大学（Khurasan University）领导了一项研究， 推出一款名为Deep-ProBind的强大预测模型，旨在通过整合序列和结构信息对蛋白质结合位点进行分类。 该模型基准数据集上实现了10倍交叉验证的准确率达到92.67%，在独立样本上实现了93.62%的准确率，训练数据方面相较于现有模型分别高出3.57%与1.52%。 新模型使用基于Transformer的注意力机制对肽进行编码，并通过PsePSSM-DWT方法生成进化信息特征 。智药邦2025-04-10蛋白 BMC Bioinformatics
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Nat Commun｜NuFold方法实现RNA三级结构“端到端”的精确预测前沿研究此外RNA核糖环的灵活构象对局部几何建模要求极高，而PDB数据库中RNA结构仅占约3%（约6000个）。 建模难度高且数据稀缺的问题进一步限制了深度学习方法在RNA结构预测中的泛化能力。 为应对这一挑战， 普渡大学Kihara课题组开发了一种名为NuFold的深度学习方法。智药邦2025-04-10NuFold RNA
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GPU迈向生物化：BBB发布Bionode，用实验室培养活体神经元为AI提供算力公司动态由英伟达、AMD等公司生产的昂贵GPU已不再是训练和部署人工智能的唯一选择。 总部位于巴尔的摩的初创公司Biological Black Box（BBB）开发了一类新型AI硬件，近日正式公开其 Bionode平台--一种将实验室培养的活体神经元与传统处理器结合的计算系统。 BBB联合创始人兼CEO Alex Ksendzovsky在视频采访中表示：“过去20年，生物学、硬件和计算工具这三个独立领域的发展已使生物计算成为现实。”。智药邦2025-04-10英伟达 Bionode AI
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Cell Discov｜AI赋能中医药，西湖大学许田团队发布神农Alpha平台专家观点天然药材（NMM）在全球临床应用方面历史悠久，并且有着丰富的记录和知识。 尽管NMM是药物研发和临床应用的重要来源，但其知识的利用和共享面临着重大挑战，包括关键信息的标准化描述、高效整理和获取以及语言障碍。 尽管《中国药典》（2020 年版）现已明确规定黄花蒿是唯一适合药用的蒿属植物，但该版中仍有超过四分之三的“天然药材”名称模糊不清。智药邦2025-04-09AI
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Nat Phys｜用AI和力学实验，分析特定蛋白质位点突变如何调节酶催化前沿研究蛋白质通过充当催化剂、信号转导器、结构骨架和分子运输体，协调生命的基本过程。 建立一个将力学特性与蛋白质功能及进化联系起来的统一框架，对于预测蛋白质如何响应信号、适应环境变化以及在突变中保持功能至关重要。 2024年诺贝尔化学奖授予了AlphaFold--一种能从氨基酸序列预测蛋白质结构的人工智能系统。智药邦2025-04-09蛋白质位点突变
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